La formazione delle AQUILE Ferrara, nata nel 1979, è una delle 5 squadre (Frogs Gallarate, Giaguari Torino, Rams Milano, Rhinos Milano) che nel 1981 ha dato vita all A.I.F.A. divenuta F.I.A.F. e associata al C.O.N.I. dal 1988: lo stesso emblema della Federazione, è costituito da cinque stelle rappresentanti simbolicamente le cinque franchigie fondatrici.

Dal 1981 al 1987 la squadra ha partecipato al campionato di serie A, raggiungendo i playoff nel 1983 e nel 1984. In quest’ultimo anno, guidati da coach Ciota hanno vinto il girone Est, qualificandosi per i quarti di finale nei quali sono stati sconfitti davanti a seimila persone per 18-16 dai Doves di Bologna al Paolo Mazza a Ferrara.

Nel 1983 le Aquile partecipano al primo campionato giovanile in Italia sotto il nome dei Duchi. La squadra ferrarese guidata da coach Campana, al termine della stagione si laureerà campione d’Italia sul campo di casa del Motovelodromo sconfiggendo in finale la squadra torinese per 20-14.

Nel 1988 al 1991 le Aquile hanno giocato in A2.

Nel 1990 viene chiamato a guidare la squadra Mike Wyatt, che nella stagione 1991 guida le Aquile ad una stagione imbattuta culminata il 29 Giugno a Calenzano vincendo il Silver Bowl contro gli Apaches Firenze per 35 a 6 laureandosi campioni dell’A2 e ottenendo la promozione in A1.

Nel 1992 le Aquile fanno ritorno nella massima serie, dopo un avvio deludente si riscattano riuscendo a giungere ai playoff. Nei playoff affrontano i campioni in carica dei Giaguari Torino in una emozionante partita riuscendo a sconfiggerli per 47 a 44 in una partita in cui erano considerati grandi sfavoriti. Il sogno della squadra terminerà in semifinale contro i Pharaones Milano futuri campioni d’Italia. Per le Aquile risulta il maggiore risultato nella massima serie. Nel 1993 raggiungono le wild card della massima serie.

Dal 1994 la squadra torna a disputare il campionato di A2 fino al 2000, con l’eccezione del 1998, anno nel quale hanno disputato il torneo a otto giocatori.

Nel 1995 viene chiamato alla guida delle Aquile John Knight che porterà la squadra ad una cavalcata simile a quella avvenuta nella stagione 1991. Le Aquile termineranno la stagione imbattuti e trionferanno al Paolo Mazza di Ferrara davanti al pubblico di casa per 34 a 8 contro i Lumberjack Fiuggi conquistando il secondo Silver Bowl della storia della squadra.

Dal 1996 al 1999 sotto la guida di coach Matteo Mantovani la formazione giovanile dei Duchi under 18 (in seguito under 21) vive un periodo d’oro vincendo per 3 volte il titolo Italiano giovanile su 4 campionati disputati, venendo sconfitti solamente in finale (nel 1998) dai Lions Bergamo. Il titolo giovanile del 1999 vinto contro i Dolphins Ancona al Dorico di Ancona rimane per la squadra l’ultimo trionfo giovanile.

Nel 1999 torna alla guida tecnica John Knight, che non riesce a ripetere completamente quello che già gli riuscì nel 1995. Le Aquile giungono imbattute all’Italianbowl contro i Gladiatori Roma presso il Motovelodromo Vigorelli di Milano, ma questa volta la squadra estense cede ai capitolini per 17 a 9.

Nel 2001 e 2002 la squadra torna a partecipare al massimo campionato Italiano disputando i playoff entrambi gli anni.

Nel 2003 le Aquile tornano in serie A2. Sotto la guida tecnica Knight-Mantovani la squadra disputa un’altra stagione senza sconfitte concludendola con la vittoria a Civitanova Marche per 34 a 7 contro i Seagulls di Salerno e vincendo il campionato, portando così a 3 i Silver Bowl nella bacheca estense.

Il 2004 è il ritorno delle Aquile nella massima competizione dove li vedrà protagonisti. Gli estensi infatti guidati dalla coppia Knight-Craig dopo una buona stagione riescono imporsi anche ai playoff riuscendo ad arrivare fino in semifinale, ma in seguito sconfitti dai Dolphins Ancona al Dorico chiudendo i sogni Super Bowl ma eguagliando il miglior risultato della società.

Dal 2005 al 2007 la formazione estense partecipa al campionato di A2.

Nel 2008 le Aquile partecipano al campionato a 9 dove in seguito ad una esaltante stagione il 7 giugno 2008 raggiunge la finale del campionato, contro i Predatori del golfo del Tigullio, perdendò però la partita 16 a 12 e arrivando secondi ma con ottimi auspici per gli anni a venire.

Nel 2009 e 2010 la squadra passa delle stagioni tranquille senza entusiasmanti risultati ma è Il 2011 è l’anno della svolta. La squadra guidata da Matteo Mantovani dopo la regular season chiusa imbattuta con la vittoria del proprio girone, si presenta ai playoff come la testa di serie numero 1 della North Conference e in seguito a conquistarsi l’accesso alla finale del campionato, imponendosi contro i Warriors Bologna sul campo di casa del Motovelodromo. Il Ninebowl disputato a Busto Arsizio vedrà le Aquile trionfare sui campioni in carica del Cif9 dei Crusaders Cagliari di misura per 13 a 12 regalando il primo successo alla società estense dopo anni.

Nel 2013 dopo un anno passato in seconda divisione (A2) torna a disputare il campionato Cif9. La squadra guidata da Brunetti in attesa del ritorno a metà stagione da parte di Mantovani come capo allenatore, vede spostarsi a giocare le partite casalinghe dal Motovelodromo lo storico impianto dei ferraresi alla nuova casa del Mike Wyatt Field. Concluderanno una stagione dove li vede protagonisti, imbattuti e conquistando il secondo accesso alla finale del campionato a 9 in 3 anni. Il 22 Giugno a Spoleto le Aquile si impongono sui Red Jackets di Sarzana per 41 a 30 conquistando così il secondo titolo a 9 della franchigia estense.

Nel 2014 e 2015 la squadra estense torna sui palcoscenici della IFL (massima serie), guidati da Val Gunn, disputeranno due stagioni tranquille con qualche amaro in bocca ma riuscendo sempre a conquistare la salvezza nella massima serie.

Nel 2016 le Aquile affronteranno il campionato di IFL nuovamente sotto la guida di Matteo Mantovani.